Команда мастеров была создана в Чернигове 17 апреля 1960 года под названием «Авангард» и сразу же вошла в состав участников украинской зоны класса «Б» чемпионата СССР. В следующем году команда получила название «Десна». На протяжении сезонов 1960—1961 ворота команды защищал известный в будущем голкипер Виктор Банников. После того, как 22 октября 1961 года черниговци сыграли 1:1 в товарищеской игре со шведским «Хаммарбю», на котором присудствовал наставник «Динамо» (Киев) Вячеслав Соловьёв, Банникова пригласили в киевский клуб.

В чемпионате команда обычно по итогам сезонов занимала места в середине турнирной таблицы и не боролась за высокие позиции. Успешным было выступление в розыгрыше Кубке СССР 1965 года, когда украинский клуб добрался до 1/8 финала, пройдя такие коллективы как «Горняк» (Кривой Рог), «Авангард» (Жёлтые Воды), «Шахтёр» (Александрия), СКА (Киев), «Шинник» (Ярославль), «Нефтяник» (Баку). Победное шествие черниговцев лишь в 1/8 финала остановил казахский «Кайрат» — в Алма-Ате «Десна» проиграла 3:4, но этот успех остался наивысшим достижением черниговцев за всю историю выступлений в Кубке СССР.

В следующем сезоне команда боролась за лидерство в первой зоне УССР классу «Б» — победители получали право сражаться за выход во вторую группу класса «А» (позднее реорганизованную в первую лигу). «Десна» пропустила вперёд лишь хмельницкое «Динамо», а в общем зачёте заняла 4-тое место в первенстве УССР в классе «Б». Одним из лучших игроков команды в 1965—1966 гг. был вратарь Александр Говоров, который в ходе сезона 1966 перешёл в донецкий «Шахтёр».

В ходе следующего сегона 1970 года за команду выступали полузащитники Андрей Биба — бывший игрок «Динамо» Киев и Юрий Морозов, который позже будет выступать за «Зарю» (Ворошиловоград) и ЦСКА (Москва). Тренером был Олег Базилевич. Черниговци заняли комфортное 11-тое место среди 22 коллективов Украинской и Белорусской ССР, но в конце года клуб был ликвидирован. Вместо него с 1972 года домашние игры в Чернигове стал проводить киевский СКА: в 1972-м клуб выступал под названием команда города Чернигова, а в 1973—1975 — СК «Чернигов».

1977-1990

В 1977 году «Десна» была возрождена. Возобновились и её выступления в чемпионате СССР. По результатам чемпионата 1982 года команда заняла второе место в украинской зоне второй лиги под руководством главного тренера Ефима Школьникова. Среди игроков можна было виделить 19-летнего стоппера Олега Кузнецова, которого в следующем сезоне пригласит в «Динамо» Валерий Лобановский и ветерана винницкого и московского «Локомотива» 38-летнего Анатолия Веретинского. Это было последним весомым достижением «Десны» в советский период — до 1988 года команда во второй лиге не поднималась выше 20-го места.
[править]
Украина, наши дни

После провозглашения независимости Украины «Десна» выступала в первой лиге чемпионата Украины, пока в сезоне 1993/94 не заняла последнее, 20-тое место и не опустилась во вторую. Во второй лиге черниговци были среди фаворитов и уже в сезоне 1996/97 клуб занимает в своей группе первое место и ненадолго возвращается в первую лигу — на сезоны 1997/98, 1998/99.

И снова вторая лига. И снова в каждом сезоне команда была среди фаворитов на повышение в классе — в 2003-м финишировала третьей, а следующие два сезона — второй. Вывести команду в первую лигу сумел наставник Александр Томах, который несмотря на это был уволен через неудовлетворительные результаты в чемпионате 2006/07 гг. — клуб занял лишь 14-тое место среди 19 команд.

23 августа 2007 года новым хазяином клуба стал Алексей Савченко — хозяйственный деятель, глава ГО «За Чернигов!». В сезоне 2007/08 «Десна» позаняла 4-тое место в первой лиге. 23 октября 2008 года, когда в начале нового сезона клуб был среди аутсайдеров первенства, президент «Десны» Алексей Савченко сделал скандальное заявление про причину успеха в предыдущем сезоне: «Играла не «Десна», а играли мои «бабки» и амбиции. Каждая игра мне стоила от 5 до 15 тысяч долларов. Я могу пофамильно назвать судей, которые брали деньги и людей, которые их им давали. Когда я престал им платить, то стал таким и спортивный результат, который ныне и заслуживают футболисты».


21 ноября, по результатам заседания своего исполнительного комитета, ФФУ временно отстранила фигурантов дела (среди подозреваемых оказались 5 судей) и приняла решение передать все материалы в Черниговскую областную прокуратуру.

В ноябре 2008 года Алексей Савченко заявил про продажу 50% черниговского клуба за 10 млн. гривен — совладельцем стал народный депутат Украины от Партии регионов, владелец группы компаний «Олимп» Павел Климец. Эта сделка стала самой дорогой продажей футбольного клуба в истории украинской первой лиги.. Спустя месяц Алексей Савченко заявил о том, что готов передать клуб в собственность городским властям Чернигова. Однако город не спешил принимать такой щедрый подарок, хотя и не стал отказываться от него.. Спустя два месяца мэрия Чернигова переадресовала подарок Алексея Савченко – в Чернигове желающих финансировать футбол не нашлось. 9 февраля 2009 года ПФК «Десна-Партнер» Савченка передал право на участие в чемпионате Украины по футболу ЧП ФК «Десна» Валерия Короткова из Ровно..

Итак 17 апреля в матче Десна-Динамо-2, команде ФК Десна исполнится 50 лет С ЮВИЛЕЕМ!!!!!!!!